Применение современных методов очистки промышленных стоков вод обеспечивает их высокое качество, о чем свидетельствует разнообразная флора и фауна прудов, завершающих процесс биологической очистки. «Киришинефтеоргсинтез», изначально являясь градообразующим предприятием, по-прежнему отвечает за очистку городских бытовых сточных вод. Ввод в эксплуатацию установки ультрафиолетового обеззараживания очищенных хозяйственно-бытовых сточных вод города Кириши позволил отказаться от их хлорирования. Обеззараживание воды проводится ультрафиолетовым излучением на базе усовершенствованных бактерицидных ламп низкого давления.

На аэротенках – сооружениях, предназначенных для биологической очистки сточных вод – для подачи воздуха применяются аэраторы из пористого полиэтилена, что позволило увеличить содержание кислорода и улучшить процессы окисления в аэротенках.

На объектах очистных сооружений установлены современные решетки фирмы "Риотэк" (Санкт-Петербург).

На узле флотации применяется новое оборудование по насыщению стоков воздухом: его эксплуатация позволяет сократить расход реагентов, используемых при флотации, и повысить степень очистки.

Благодаря модернизации объектов очистных сооружений предприятия улучшилось качество очистки сточных вод, повысилась надежность работы оборудования и улучшились условия труда операторов.

Планируется, что с пуском Завода глубокой переработки нефти (ЗГПН) увеличатся мощности очистных сооружений: будет введена новая линия производительностью 1000 куб. м/час для очистки промышленно-ливневых сточных вод. Следует подчеркнуть, что в титульном списке объектов строящегося ЗГПН природоохранные объекты составляют 30 %.

В этот же период планируется внедрить процесс денитрификации и дефосфотации на узлах биологической очистки промышленных сточных вод и хозяйственно-бытовых сточных вод города Кириши. Это позволит снизить содержание нитратов и фосфатов в очищенной воде, сбрасываемой в водоем, на 35 % и 25 % соответственно.